病毒克隆載體通常采用從病毒、質粒或高等生物細胞中獲取的DNA作為克隆載體，在載體上插入合適大小的外源DNA片段，并注意不能破壞載體的自我復制性質。將重組后的載體引入到宿主細胞中，并在宿主細胞中大量繁殖。

常見的載體有質粒，噬菌粒，酵母人工染色體。

病毒克隆對載體也是有要求的：

①能在宿主細胞中復制繁殖，而且***好要有較高的自主復制能力。

②容易進入宿主細胞，而且進入效率越高越好。

③容易插入外來核酸片段，插入后不影響其進入宿主細胞和在細胞中的復制。這就要求載體DNA上要有合適的限制性核酸內切酶位點。

④容易從宿主細胞中分離純化出來， 這才便于重組操作。

⑤有容易被識別篩選的標志，當其進入宿主細胞、或攜帶著外來的核酸序列進入宿主細胞都能容易被辨認和分離出來。