1. 按照定位***別分類。可以分為學生***、實驗***、研究***生物顯微鏡。
2. 按照目鏡的個數分類。可以分為單目型、雙目型、三目型生物顯微鏡。
按照目鏡個數分類3. 按目鏡和移動臺的相對位置分類。可以分為正置生物顯微鏡和倒置生物顯微鏡。正置(常規)生物顯微鏡的物鏡在移動臺的上方，倒置生物顯微鏡的物鏡在移動臺的下方。
按照目鏡和移動臺相對位置分類4. 按成像原理分類。可以分為光學生物顯微鏡和電子生物顯微鏡。
光學顯微鏡主要由目鏡、物鏡、載物臺和反光鏡(集光鏡)組成。目鏡和物鏡都是凸透鏡，焦距不同。物鏡的凸透鏡焦距小于目鏡的凸透鏡的焦距。物鏡相當于投影儀的鏡頭，物體通過物鏡成倒立、放大的實像。目鏡相當于普通的放大鏡，該實像又通過目鏡成正立、放大的虛像。經顯微鏡到人眼的物體都成倒立放大的虛像。
顯微鏡的成像原理電子顯微鏡是根據電子光學原理，用電子束和電子透鏡代替光束和光學透鏡，使物質的細微結構在非常高的放大倍數下成像。由于電子束的波長遠遠小于可見光的波長，所以即使電子束的錐角僅為光學顯微鏡的1%，電子顯微鏡的分辨本領仍遠遠優于光學顯微鏡。光學顯微鏡的放大倍率約為2000倍，而現代電子顯微鏡放大倍率已經超過了300萬倍
[1] 。
電子顯微鏡生物顯微鏡的基本結構
生物纖維鏡的結構1. 鏡座。位于顯微鏡底部，用于支持全鏡。
2. 鏡臂。位于鏡筒后面，通常為弓形，用于支持鏡筒和搬移顯微鏡時握持部位。
3. 鏡筒。位于顯微鏡上方，上接目鏡，下接物鏡轉換器。
4. 物鏡轉換器。位于鏡筒下方的轉盤，通常有3~4個圓孔，可裝配不同放大率的物鏡，可使每個物鏡通過鏡筒與目鏡構成***個放大系統。
5. 移動臺。又名載物臺、工作臺或鏡臺，用于放置標本。移動臺上有兩個金屬壓片夾叫標本夾，用于固定玻片標本。有的載物臺上裝有推片器用來移動標本，有的載物臺本身可以移動。
6. 調焦裝置。為了得到清晰的圖像，必須調節物鏡與標本之間的距離，使物鏡的焦點對準標本，這***操作叫調焦。調焦通過粗準焦旋鈕和細準焦旋鈕來實現。
7. 物鏡。安裝在鏡筒下端的物鏡轉換器下方，因為它靠近被視物體，故又稱接物鏡。物鏡是決定顯微鏡性能如分辨力的*重要的構件。物鏡的作用是將標本次放大成倒像。***臺顯微鏡備有數個物鏡，每個物鏡由數片不同球面半徑的透鏡組成。物鏡下端的透鏡口徑越小，鏡筒越長，其放大倍數越高；否則反之。物鏡有低倍物鏡和高倍物鏡，其放大倍數***般刻在物鏡的鏡筒上，例如4×、8×、10×、……、100×，分別表示4倍、8倍、10倍……、100倍。其中40-65倍叫高倍物鏡，90或100倍的稱為油浸物鏡。
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